1965年11月10日，在江青等人的策划下，姚文元在上海《文汇报》上发表《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》一文，将矛头对准了明史学家、北京市副市长吴晗在1960年发表的历史剧《海瑞罢官》。《评》文认为该剧借古讽今，通过描写“平冤狱”为被打倒的彭德怀翻案，而剧中的“退田”情节则是为单干风和三自一包做舆论准备，并认为全剧实质是阶级斗争在意识形态领域的反映。
此文一出引起极大震动，全国各大报纸、杂志纷纷转载。支持吴晗的北京市长彭真带头成立“文化革命五人小组”，并于1966年2月草拟了《关于当前学术讨论等汇报提纲》（即《二月提纲》），试图将对《海瑞罢官》的批判局限于纯学术范围。然而与此同时江青则在上海活动，宣称文艺界已经“被一条与毛泽东思想对立的反党反社会主义的黑线专了我们的政”。林彪、江青等人最终获得了胜利。
1966年5月4日，中共政治局扩大会议召开前夕，《解放军报》题为《千万不要忘记阶级斗争》的社论，指出应该全面“大兴无产阶级思想，大灭资产阶级思想”。随后在5月9日上海《解放日报》和《文汇报》发表姚文元《评“三家村”-〈燕山夜话〉〈三家村札记〉的反动本质》的文章，再度将矛头对准反对毛泽东路线的彭真、吴晗等人。1966年5月16日，政治局扩大会议召开，通过了康生、陈伯达起草、毛泽东修改的《中国共产党中央委员会通知》（即《五一六通知》）。《五一六通知》的发布标志着文化大革命的正式开始。会议还决定成立新的“中央文化革命小组”，取代原先的“文化革命五人小组”，《二月提纲》被废除。5月18日，林彪发表谈话，称“毛主席是天才，毛主席的话句句是真理，一句超过我们一万句”，开始在全国各地搞个人崇拜。此时林彪、江青等人开始逐渐获得实权，康生改组了党的喉舌《人民日报》，原总编辑邓拓被打倒。
5月25日，北京大学哲学系总支书记聂元梓等七人在北京大学大饭厅贴出了题为《宋硕、陆平、彭佩云在文化革命中究竟干些什么？》的第一张大字报，批判北京大学党委和北京市委。毛泽东指这张大字报是“全国第一张马列主义大字报”，6月1日，毛泽东这张大字报写了批语：“此文可以由新华社全文广播，在全国各报刊发表，十分必要。北京大学这个反动堡垒，从此可以开始打破。”之后经毛泽东的批准，中央人民广播电台于当晚八时，向全国广播这张大字报的内容。另一方面，5月29日，清华大学附属中学成立了第一个学生红卫兵组织。6月1日，人民日报发表了经陈伯达、王力、关锋修改的头版社论《横扫一切牛鬼蛇神》，呼吁民众进行无产阶级文化大革命，把所谓资产阶级的专家、学者、权威、祖师爷打得落花流水，使他们威风扫地。同时《人民日报》发表聂元梓等六人撰写的《大海航行靠舵手》，号召要把所有的资产阶级权威、学者等打倒。
此后局势迅速发展，全国大中学校学生纷纷起来造反，反对学校党委或支部的领导，很快使得很多学校的领导和教学工作瘫痪或基本瘫痪。北京大学、南京大学和上海音乐学院等高校的校长被公开批判[来源请求]。
当时毛泽东已经退居二线，由刘少奇领导中央一线工作。在这种非常局势之下，刘少奇在六月初主持的中央会议，决定向大中学校派出工作组领导文化大革命，试图减缓基层被挑动起来的革命情绪。6月3日，中央政治局常委扩大会议作出“八条规定”，口头传达下去。这时毛泽东在杭州，对于刘少奇给他的请示汇报，没有明确回复。6月4日，刘少奇和邓小平乘专机到杭州向毛主席汇报情况，并请毛泽东回京主持有关工作，毛泽东委托刘少奇相机处理运动的问题。
派工作组是共产党在革命时期进行土改等运动的传统办法，在不久以前的“四清”运动中，刘邓依然沿用，派大量的工作队下基层大兵团作战，结果引起毛的不满，后来被认为是“形‘左’而实右”。现在他们依然按照传统的党的领导的方法理解文革，认为是“四清”运动的继续，所以想到还是派工作组。
刘邓派到基层的工作组站在党委一边，把起来造反的造反派镇压下去，结果引起很多群众的不满，激起很多矛盾。仅在首都24所高等院校统计，工作组把10211名学生打成“右派”，把2591名教师打成“反革命”[2]。
7月18日，毛泽东在畅游长江后，从武汉回到北京。当天听取了江青等人关于工作组的汇报，看了一些学校反工作组的材料。19－23日，文革情况汇报会上毛泽东指责工作组“镇压学生运动”；24日，毛泽东召集中央常委和中央文革小组成员开会，批评了刘少奇和邓小平，作出了撤销工作组的决定。7月28日，北京市委发出《关于撤销各大专学校工作组的决定》，并于29日在人民大会堂召开全市大中学校文化革命积极分子大会，当众宣布这一决定。会上，刘少奇承认，文化大革命到底应该怎么搞，他也不晓得；邓小平的发言承认，老革命碰到新问题。当日红卫兵写信给毛泽东，声称“造反有理”，毛泽东表示同意。
8月1日，中国共产党第八届中央委员会第十一次全体会议召开。会上，毛泽东支持红卫兵，再次指责中央派工作组，“这是镇压，是恐怖，这个恐怖来自中央”，工作组是“明明白白站在资产阶级方面反对无产阶级”，“牛鬼蛇神，在座的就有”。会议原定在8月5日结束，但在当日，毛泽东用铅笔在一张报纸的边角上写了《炮打司令部——我的一张大字报》，指出中央有另外一个“资产阶级司令部”，令会议日程被延长，内容也很快转向对刘少奇和邓小平的批判。8月7日，毛泽东在誊清稿上修订后加标题，由当日会议印发。文中说：“五十多天里，从中央到地方的某些领导同志……站在反动的资产阶级立场上，实行资产阶级专政，将无产阶级轰轰烈烈的文化大革命打下去，颠倒是非，混淆黑白，围剿革命派，压制不同意见，实行白色恐怖，自以为得意，长资产阶级的威风，灭无产阶级的志气，又何其毒也！”矛头直指刘少奇。会议中彭真、罗瑞卿、刘少奇、邓小平等人被点名批判.
