1966年6月27日，《人民日报》发表社论《一定要把五星红旗插到台湾省》，重新提出了“一定要解放台湾”的口号。
1966年6月13日，中共中央和国务院在发出通知，决定1966年高等学校招收新生工作推迟半年进行。6月18日，人民日报社论“彻底搞好文化革命彻底改革教育制度”，废除高考制度。
1966年8月8日，中共中央八届十一中全会通过了《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》（即“十六条”）。“文化大革命”一语首次出现于公开的中国共产党中央委员会决定里，无产阶级文化大革命全面开始。
“十六条”里说这次运动的目的，是“斗垮走资本主义道路的当权派，批判资产阶级的反动学术‘权威’，批判资产阶级和一切剥削阶级的意识形态，改革教育，改革文艺，改革一切不适应社会主义经济基础的上层建筑，以利于巩固和发展社会主义制度。”并做出了“‘敢’字当头，放手发动群众”“让群众在运动中自己教育自己”“要用文斗，不用武斗”等规定。
8月12日，会议选举毛泽东、林彪、周恩来、陶铸、陈伯达、邓小平、康生、刘少奇、朱德、李富春、陈云等11人为政治局常委。其中新常委为陶铸、陈伯达、康生、李富春。林彪成为中共第二号人物。不久，又以唯一的中共中央副主席的身份出现。而周恩来、刘少奇、朱德、陈云的副主席身份不再被提及。
8月18日，毛泽东、林彪在天安门广场接见了来自全国各地的红卫兵，此后毛泽东又陆陆续续会见了超过1100万红卫兵。从此全国便进入混乱状态。红卫兵四处串联并散发传单、张贴大字报、标语，又开会演说辩论，更有冲击寺院、庙宇、教堂，大肆砸毁文物，破坏古迹，焚烧书籍、字画，后来又开始抄家、攻击老权威、知识分子。一批守旧的老学者、知识份子被殴打、虐待，并受到人格上的侮辱。
这一期间受到波及的人不计其数。和尚、修女、教士被公开批斗，学生当众殴打、侮辱教师，还有教师遭到以粪淋头等极不人道虐待。有的人因为有亲戚在国外，被红卫兵以有“海外关系”等罪名批斗抄家。红卫兵抄家，把家具全都搬走，翻遍地土，破开墙壁，到处搜掠，查看有否私藏物品，房屋被抢夺一空，迹同强盗[来源请求]。
几乎所有反对文革的学者都受到残酷对待。原《人民日报》总编辑邓拓、著名翻译家傅雷及其夫人朱梅馥以及作家老舍都因不堪屈辱而自杀。斗争中甚至有人陈尸街头。原先国家的几位重要领导人也被批斗，刘少奇、邓小平被撤职下放（刘少奇最终在监禁中死去）。彭德怀、贺龙等则被迫害致死（病死）。除此之外，在文革中被迫害至死的人还包括了乒乓球运动员容国团、电影演员上官云珠、北京大学副校长翦伯赞（在软禁的家中自杀）、国歌的作词者田汉、作家赵树理、民盟副主席章伯钧等人，而不知名的死者更是不计其数（不确切的统计是40万，四人帮被捕后也有相当多的人自杀[来源请求]）。
针对出现的打死人的事件，毛泽东写了一个《关于发生打人事件的指示》，根据北京新巿委第一书记李雪峰的传达，指示内容是：“打就打嘛，好人打好人误会，不打不相识；好人打坏人活该；坏人打好人，好人光荣。”8月22日，毛泽东厌恶当权派利用国家机器大肆逮捕学生，发布了《严禁出动警察镇压革命学生运动》，规定警察不得干涉、镇压“学生革命运动”。在这段后来被称为“红色恐怖”的时间内，据官方统计光在北京就打死1700多人，而全国自杀人数达到20万人。至于整个文革期间死亡的人数可能超过200万到700万人，占到人口的百分之一，这个数字需要确切的统计资料证实。
除了批斗“反动学术权威”外，全国红卫兵还进行了大串联。9月5日，中共中央发出通知，凡外地师生来京观摩文革运动者，交通费与生活费由中央财政补助，这个通知使之前就已经开始的大串联达到高潮。全国掀起了“踢开党委闹革命”的浪潮。10月9日，林彪再度指刘少奇、邓小平是资产阶级反动路线的代表，随后彭德怀被押送回北京受批斗。
